本学科以森林有害生物可持续控制为目标，形成了森林昆虫学、森林病理学、森林病虫害防治学、森林生物资源开发与利用4个稳定的研究方向。(1)森林昆虫学究方向以昆虫形态学、生物学、分类学、种群消长与环境相互关系等为基础，应用害虫综合治理基本理论，不断导入新型、交叉学科，从宏观和微观上深入研究害虫、树木以及环境之间的相互作用机理；(2)森林病理学研究方向以林木病原学、生物学、生态学等为基础，应用病害综合管理基本理论，从宏观和微观上深入研究病原、寄主以及环境之间相互作用机理；(3)森林病虫防治学研究方向以森林病虫害综合治理的基础理论和应用技术为研究内容，尤其以森林病虫害的生物防治技术和遗传抗性防治等无污染的措施为特色，达到森林病虫害的可持续控制；(4)森林生物资源开发利用研究方向主要研究食用、药用、观赏、环保及工业原料昆虫，野生食用真菌、药用真菌、菌根菌、毒菌和东北林区杀虫、杀菌野生植物资源的开发利用。

目前，森林保护学科拥有专任教师23人，其中教授11人（博士生导师10人）、副教授6人，讲师5人，副高职以上占73.9%。45岁以下具有博士学位教师12人，占52.2%，35岁以下具有硕士学位100%。并有国务院政府特殊津贴获得者、省部级中青年专家、全国优秀教师、省教学名师、省三育人先进个人、省知识型职工优秀个人、省第三届留学归国人员报国奖获得者，基本达到了教学科研实力强、学历层次高、梯队结构和知识结构合理、学术思想活跃、勇于开拓创新的教学、科研群体。

本学科现有国家林业局森林病虫害生物学和黑龙江省高等学校森林保护2个省部级重点实验室，建有森林病虫分子生物学、昆虫化学生态、森林病虫分类鉴定、森林病虫毒理、昆虫行为、森林病虫病理、森林微生物发酵、食用菌栽培等10余个专业实验室，并拥有本领域研究所需的各种先进的仪器设备。除本校3个实验林场作为科研、教学实习基地外，另建有4个校外研究基地和研究生创新基地。“十一五”期间，承担国家和省级科研项目44项，累积经费2100多万元，获得省部级教学与科研成果奖30余项，在国内外发表学术论文300余篇，国家专利11项。与加拿大、英国、美国、法国、日本、俄罗斯等近20个国家的大学和科研机构建立了友好关系，在合作研究和学术交流等方面进行了广泛的合作。